Фамилия Вергилис — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа, скорее всего, восходит к латинскому родовому имени Vergilius (Вергилий). В европейской традиции это имя прочно связано с великим римским поэтом Публием Вергилием Мароном, автором «Энеиды». Однако напрямую выводить русскую фамилию от античного классика было бы натяжкой: в России крестьянам и мещанам фамилии по поэтам не давали.

Словообразовательная модель подсказывает другой путь. Суффикс -ис в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен для фамилий греческого происхождения (например, Харлампидис, Павлидис) и для некоторых польских и белорусских форм на -is. В данном случае фамилия Вергилис могла возникнуть в среде греческого или южнославянского духовенства. Семинаристы нередко получали фамилии по именам античных авторов: Вергилис, Гораций, Овидий. Это была своего рода интеллектуальная мода в духовных училищах XVIII–XIX веков: будущему священнику давали «благозвучную» фамилию в честь классика.

Есть и более приземлённая версия. Фамилия могла образоваться от прозвища Вергил — так в народе могли называть грамотея, книжника или просто заику (от лат. vergilius — «склонный к заиканию», хотя это сближение спорное). В таком случае суффикс -ис указывает на западнорусское или польское влияние: в белорусском и украинском языках фамилии на -ис иногда закреплялись за выходцами из униатской среды.

Географически фамилия Вергилис тяготеет к западным губерниям Российской империи — Виленской, Гродненской, Волынской. Встречается она и у литовских поляков, и у евреев (как вариант фамилии Вергелис, от идиш вергл — «работать»). Но доминирует всё же версия о семинарском происхождении: слишком уж книжная основа для крестьянского прозвища.

Таким образом, носитель фамилии Вергилис, скорее всего, потомок человека, получившего её в духовном училище — по имени поэта, чьи стихи он штудировал на латыни. Фамилия осталась редкой, не перешла в массовые крестьянские списки и сохранила отчётливый книжный оттенок.