Фамилию Вергулис стоит разбирать не с корня, а с её географической и этнической привязки. Это редкий для России случай фамилии на -ис, который прямо указывает на литовское или латышское происхождение. В балтийских языках суффикс -ис — типичное окончание существительных мужского рода в именительном падеже (ср. литовские фамилии Кубис, Буткус, латышские Озолс, Берзиньш). Таким образом, Вергулис — это не русифицированная фамилия, а сохранённая в исходной балтийской форме.

Основа фамилии восходит к балтийскому корню *verg-. В литовском языке vergas означает «раб» или «невольник». В латышском vergs имеет то же значение. Прозвище Вергулис могли дать человеку, который попал в зависимость, был захвачен в плен или работал на кого-то. Однако не стоит сразу представлять себе бесправного раба: в средневековой Литве и Ливонии «вергами» называли и зависимых крестьян, и слуг, и даже военнопленных, которых со временем отпускали на волю. Фамилия могла закрепиться за родом, вышедшим из такого сословия.

Суффикс -ул- в составе фамилии (Верг-ул-ис) — уменьшительный или уничижительный, характерный для литовских прозвищ. Он смягчает грубое значение корня: буквально «маленький раб», «рабёнок» или «сын раба». В балтийской ономастике такие формы часто давали не взрослому человеку, а подростку или младшему члену семьи, чтобы отличить его от старшего родственника с тем же именем. То есть Вергулис — это, скорее всего, «Вергус-младший».

Встречается фамилия преимущественно на западе Беларуси (Гродненская, Брестская области) и в Литве, особенно в районах, исторически входивших в Великое княжество Литовское. В России носители Вергулис — это, как правило, потомки переселенцев конца XIX — начала XX века, когда литовцы и белорусы ехали на заработки в Сибирь и на Дальний Восток. По сословной принадлежности предки скорее всего были крестьянами или мещанами, реже — однодворцами.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. В Литве существует фамилия Вергус (Vergas) с тем же корнем, но без уменьшительного суффикса. В польском языке встречается форма Вергула — она могла возникнуть при полонизации литовских фамилий. Русские фамилии Вергин, Вергов — это уже русифицированные варианты с добавлением суффиксов -ин и -ов. Вергулис стоит особняком как наиболее архаичная и неадаптированная форма, сохранившая балтийскую грамматику.