Фамилия Вергилес, вероятно, имеет еврейско-литовское происхождение. Предположительно она образована от аналогичного прозвища, связанного с литовским словом varguolis - «бедняк». По другой версии, прозвище Вергилес восходит к литовскому корню verg – «раб» и образовано с помощью уменьшительного суффикса -l- и типичного балтийского окончания -s. Таким образом, прозвище Вергилес может указывать на социальный статус предка: он мог быть малоимущим или же находящимся в долговой зависимости человеком. Менее вероятна связь прозвища Вергилес с двумя восточнославянскими основам: «верг-», то есть «бросать, опрокидывать» и «лес» (или «лис»). В этом случае основатель рода Вергилес мог быть лесорубом, то есть человеком, валившим деревья. Согласно ещё одной версии, фамилия Вергилес происходит от латинского имени Вергилий (в буквальном переводе - «несущий ветви»).