Фамилия Вергилесова — редкий пример балтийского влияния в русском ономастиконе. Её основа, скорее всего, восходит к литовскому слову varguolis, что значит «бедняк». Такое прозвище могли дать человеку неимущему или попавшему в долговую кабалу. Поддерживает эту версию и другой литовский корень — verg- («раб»), к которому добавлен уменьшительный суффикс -l- и типичное балтийское окончание -s. Получается, что прозвище Вергилес прямо указывало на социальное положение предка.

Менее убедительна попытка связать фамилию с восточнославянскими основами. Если разбить её на «верг-» (бросать, опрокидывать) и «лес» (или «лис»), то родоначальник мог бы оказаться лесорубом — человеком, валящим деревья. Однако эта версия выглядит натянутой: слово «вергать» в значении «валить» почти не встречается в прозвищах, а стык корней нехарактерен для русских фамилий.

Ещё одно предположение — что фамилия восходит к латинскому имени Вергилий («несущий ветви»). Но тогда мы ждали бы форму Вергилиев или Вергильев, а не Вергилесов. Балтийская версия остаётся самой естественной: она объясняет и корень, и суффикс, и окончание, и то, что фамилия встречается в регионах, где исторически жили литовцы.

В документах начала XX века фамилия зафиксирована в Сибири и на Урале. Известны Вергилесов Григорий Михайлович (родился в 1905 году в деревне Морская Заимка Красноярского края) и Вергилесов Сергей Георгиевич (родился в 1904 году в Челябинской области). Это косвенно подтверждает, что носители фамилии могли быть переселенцами из западных губерний Российской империи, где балтийские корни — не редкость.