Фамилия Верхотина — женская форма от Верхотин, а та, в свою очередь, пошла от прозвища Верхота. Прозвище это неоднозначное, и чтобы понять его смысл, нужно смотреть на географию и быт.

Самая прямая версия — топографическая. Верхотой на Дону и в других казачьих областях называли жителя «верховых» станиц, то есть селений, стоящих в верховьях реки. Для казачества это деление было принципиальным: верховые и низовые станицы различались и говором, и укладом, и даже отношением к центральной власти. Так что прозвище Верхота четко указывало на земляка с верхнего течения.

Но есть и другая линия. В некоторых русских говорах, особенно северных и волжских, «верхотой» называли бурлака — рабочего, который тянул суда бечевой. Почему именно так? Возможно, потому что бурлаки шли по «верху» берега, в отличие от водников, или из-за того, что их труд считался «верхним», самым тяжелым. Эта версия связывает фамилию не с местом жительства, а с тяжелым ремеслом.

Менее вероятно, но не исключено, что Верхота — это прозвище всадника (от «верхом») или человека, занимавшего высокое положение. Однако для этого в языке есть более распространенные модели («Верховой», «Верховцев»), а форма на -ота для таких смыслов редка.

В любом случае, суффикс -ин в фамилии Верхотина указывает на принадлежность: «чей?» — Верхотин, то есть сын Верхоты. Это типичная модель русских фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а. Так что предок современных Верхотиных — человек, которого в своей среде знали по характерному признаку: либо как выходца с верховьев реки, либо как бурлака.