Фамилия Верхотина образована от прозвища Верхота. Скорее всего, так называли жителя «верховых станиц», расположенных в верховьях реки. Жителя одного из них также могли прозвать Верхотой. Однако можно также предположить, что прозвище Верхота могло указывать на род занятий человека (например, так могли называть всадника, или того, кто работал на высоте), или на его высокое положение в обществе. Известно также, что в некоторых говорах прозвище Верхота получал рабочий-бурлак. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Верхота, со временем получил фамилию Верхотина.