Фамилия Верховинина — женская форма от Верховинин, и её разбор сразу указывает на географию происхождения предка. Основа «верх-» и суффикс «-ин» (притяжательный, указывающий на принадлежность: «чей?») ведут к прозвищу или названию местности. Верховиной в русских говорах называли верхнюю часть села, возвышенность, исток реки или даже человека, жившего «на верху» — то есть выше остальных по рельефу или по социальному положению. Реже Верховиной могли прозвать высокого ростом или того, кто держался гордо, «сверху».

Суффикс «-ин» типичен для фамилий, образованных от прозвищ и названий, оканчивающихся на -а/-я. Если бы основа была на согласный (Верхов), получился бы Верховов. Здесь же — Верховин, то есть «сын или потомок Верховины». В документах XVI–XVII веков такое прозвище встречается в северных и центральных уездах России: по данным С. Б. Веселовского, прозвища с корнем «верх-» нередко давали жителям верхних концов деревень или людям, пришедшим с верховьев рек. Вероятнее всего, первый носитель фамилии — крестьянин или посадский человек из села, стоявшего на возвышенности, либо выходец из Верховины — так могли называть целую местность.

Интересная деталь: фамилия Верховинина — редкая, и её женская форма сохранилась в быту, что говорит о поздней фиксации или о том, что род не был многочисленным. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования (от названий частей села) отнесены к географическим прозвищам, которые впоследствии закрепились за целыми семьями. Если ваш предок — Верховинин, он, скорее всего, жил не в городе, а в сельской местности, на возвышенном месте, и его прозвище перешло в фамилию без изменений, что характерно для северных и сибирских регионов, где фамилии часто фиксировались позже и проще.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Верховцев, Верховский, Верховин — показывает, что Верховинин стоит ближе к прозвищной модели, а не к искусственным семинарским или дворянским формам. Никаких пышных историй о боярских корнях здесь нет: это фамилия простого человека, которого соседи выделили по месту жительства.