Фамилия Верхоуженский — один из тех редких случаев, когда географическое прозвище сохранилось в почти неизменном виде и не «обрусело» через типовые суффиксы. Её основа — «верхоуженский» (человек с верховьев Ужны). Река Ужна (Ужна) встречается в гидронимии Русского Севера, например, в бассейне Северной Двины или в Вологодской области. Формант -ск- указывает на происхождение от названия места: так в XVI–XVII веках называли выходцев из сёл или погостов, стоявших выше по течению реки Ужны.

Модель образования здесь архаичная. Обычно фамилии на -ский образовывали от названий городов или крупных волостей (Ростовский, Тверской). Верхоуженский же явно отсылает к микротопониму — не к городу, а к локальному урочищу. Это типично для северных территорий, где река была главным ориентиром, а поселения называли «верхними» и «нижними» по течению. Приставка «верхо-» (вместо более привычного «верхне-») выдает древнерусскую, допетровскую речевую норму.

Сословно носители такой фамилии скорее всего были не дворянами, а крестьянами или монастырскими служителями. В центральных губерниях подобные фамилии часто закреплялись за духовенством (по названию прихода), но здесь, на Севере, прозвище скорее бытовое: «верхоуженский» — тот, кто живет на верховьях Ужны, в отличие от «нижнеуженских» соседей. Фамилия не попала в массовые списки, поэтому её носителей по переписям XIX века можно найти только в узком ареале — возможно, в бывшей Вологодской или Архангельской губернии.

Однокоренных фамилий практически нет. «Верхоуженский» стоит особняком: не встречаются ни «Уженский», ни «Нижнеуженский». Это говорит о том, что прозвище дали единственному роду, который переселился или выделился, а исходное название поселения со временем исчезло с карт. Для этимолога это ценный пример того, как фамилия может быть единственным письменным свидетельством о забытом топониме.