Фамилия Видонкин — редкий пример, где суффикс -ин присоединился к основе, которая сама по себе уже содержит фамильный формант. В этом её главная особенность. Скорее всего, в основе лежит фамилия Видон (или Видонов), а к ней добавили ещё один патронимический суффикс — уже по месту жительства или в новой ветви рода. Такие «двойные» фамилии возникали, когда сына или внука записывали не по деду, а по отцу, но с новым окончанием: Видон → Видонкин («чей?» — «Видонкин», то есть сын Видона).

Исходное имя или прозвище Видон — сокращение от Видонт, что восходит к древнерусскому имени Вид, либо к глаголу «видеть». В народной традиции Видом могли прозвать зоркого, наблюдательного человека, сторожа или дозорного. В северо-западных говорах (псковских, новгородских) «видон» означало «видный, приметный» — так могли сказать о рослом или заметном человеке. Не исключено и происхождение от канонического имени Венедикт (в просторечии Веденей, Виденей), которое через сокращение дало Видон.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России. Встречается она нечасто, что говорит о сравнительно позднем оформлении — скорее всего, во второй половине XVIII–XIX века, когда крестьянам массово давали фамилии по отцу. Редкость суффиксальной модели «-он + -кин» делает Видонкина заметной среди однокоренных: Видов, Видонов, Видонский — последняя, кстати, могла принадлежать духовенству и быть образована от названия села Видоны (гипотетически).

Таким образом, предок носителей фамилии — человек по прозвищу Видон, а сама фамилия — пример того, как в русской ономастике один патроним наращивался на другой, создавая уникальный словообразовательный гибрид.