Фамилия Видунова — женская форма фамилии Видунов, и её разумнее рассматривать в паре с мужским вариантом. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Видун. В русских говорах слово «видун» имело два основных значения. Первое — человек, который «видит», то есть обладает даром предвидения, знахарь, колдун. Второе, более прозаическое — свидетель, очевидец, тот, кто что-то видел. В старину прозвища, данные по способностям или характерным поступкам, легко закреплялись за человеком и переходили к его детям.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Видун добавили суффикс -ов (в мужском варианте), что буквально означает «сын Видуна» или «принадлежащий Видуну». Суффикс -ов — самый распространённый в русских фамилиях, он указывал на принадлежность к главе семьи. Женская форма Видунова, соответственно, — «жена или дочь Видунова».

Интересно, что в некоторых диалектах слово «видун» могло быть связано с глаголом «видеть» не в мистическом, а в бытовом смысле: так могли назвать зоркого или наблюдательного человека. В отличие от фамилий, образованных от канонических церковных имён (Иван, Пётр), Видунов — от прозвища, а такие фамилии часто несут в себе прямую характеристику предка. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где были сильны традиции мирских имён, но сегодня она редкая.

Встречается и вариант написания Видунова с ударением на второй слог, но исторически ударение, скорее всего, падало на последний слог — Видуно́ва, как у большинства фамилий на -ов. Споров о происхождении здесь немного: корень прозрачный, и обе версии — «знахарь» или «очевидец» — имеют право на существование, причём первая, с оттенком народной магии, кажется более колоритной и вероятной для прозвища.