Фамилия Видункин — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с необычным ремеслом или колдовской практикой. Корень «видун» в древнерусском языке напрямую означал «знахарь», «колдун» или «ведун» — человека, владеющего тайными знаниями, умеющего лечить заговаривать. В некоторых говорах «видун» могло также относиться к прорицателю или тому, кто «видит» невидимое обычным людям. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище Видун за связь с народной медициной или магическими обрядами, а его потомки стали Видункиными.

Модель образования проста и типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность. Видункин буквально значит «сын Видуна» или «из семьи Видуна». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от прозвищ на твёрдый согласный, суффикс -ин характерен для основ, оканчивающихся на -а/-я или мягкий согласный. Здесь основа «Видун» дала форму без дополнительных наращений.

Географически фамилия крайне редкая. В доступных источниках XIX—XX веков она встречается точечно, преимущественно в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях — регионах, где долго сохранялись пережитки языческих верований и сильны были традиции знахарства. Это косвенно подтверждает связь прозвища не с литературным «ведун», а с местным диалектным «видун». Сословно носители, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми, так как фамилия не встречается в дворянских родословных книгах.

Стоит отметить, что существует и более прозаичная, но менее вероятная версия: от глагола «видеть» в значении «зрячий» (в противоположность слепому). Однако в таком случае ожидалась бы форма Видкин или Видякин, а не с суффиксом -ун, который в русских прозвищах почти всегда указывает на деятеля (бегун, говорун, шатун). Поэтому связь с «ведуном» остаётся основной.

В написании фамилия устойчива: двойное «н» в суффиксе не встречается, что характерно для кратких притяжательных форм. Изменение ударения (Виду́нкин или Видунки́н) возможно в разных говорах, но чаще фиксируется на втором слоге. Однокоренные фамилии — Видунов, Видун, Ведунов — встречаются чаще, но именно форма на -ин подчёркивает личное прозвище родоначальника, а не простое указание на профессию.