Фамилия Вильникова — женская форма, а её мужской вариант Вильников. Это типичная «профессиональная» фамилия, образованная от названия занятия. В основе лежит слово «вильник» — так в старых русских говорах называли мастера, который делал вилы, или человека, который ими работает (например, скидывает сено). Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: «сын Вильника» или «из дома Вильника».

Интересно, что корень «вил-» не связан с «вилами» как орудием в прямом смысле, если только не заглядывать в диалекты. В некоторых регионах «вильник» могло быть прозвищем человека с длинными, «виляющими» ногами или того, кто ходит вразвалку. Но для фамилии Вильников основная версия — ремесленная, по аналогии с фамилиями Топорников, Косов или Лопатин. Редкий суффикс -ник- в основе (не путать с более частым -ник- в фамилиях вроде Сотник) указывает на конкретного деятеля, а не на владельца предмета.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где было развито сельское хозяйство и сенокос. В XIX веке Вильниковы могли быть крестьянами или ремесленниками, но точных сословных данных по этой фамилии нет — она не была дворянской и не попала в родословные книги. Из-за редкости фамилия не упоминается в классических ономастических словарях Унбегауна или Никонова, но её модель прозрачна и не вызывает споров.

Если ваш предок носил такую фамилию, скорее всего, он был связан с изготовлением деревянных вил или с работой на сенокосе. Впрочем, не исключён и вариант, что прозвище дали за манеру ходить или за внешность — в диалектах слово могло иметь и переносный смысл.