Фамилия Вилья — редкий для России случай, когда фамилия пришла не из славянской среды, а из романских языков, и сохранила исходное написание без русификации. Её основа — испанское слово villa, которое означает «город», «посёлок» или «вилла» как загородный дом. В испанской ономастике фамилия Вилья (Villa) входит в число топонимических: её давали человеку, который жил в небольшом поселении (вилье) или происходил из него. В Испании и странах Латинской Америки эта фамилия широко распространена, но в России встречается лишь у потомков переселенцев, эмигрантов или людей, чьи предки имели связи с испаноязычным миром.

Поскольку фамилия не прошла через типичную русскую словообразовательную модель (суффиксы -ов, -ин, -ский), её носители в России — это, скорее всего, либо потомки дворян или купцов, контактировавших с Европой, либо люди, чьи предки получили фамилию при переезде из испанских регионов. В XIX веке в Российской империи фиксировались единичные случаи использования фамилии Вилья среди обрусевших иностранцев, например, среди архитекторов или инженеров, работавших по приглашению.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть на базе прозвища от диалектного слова «вилья» в значении «вилы» в некоторых русских говорах. Но она слабая — во-первых, в русских говорах такое слово не зафиксировано как устойчивое прозвище, во-вторых, написание через мягкий знак (Вилья) типично для передачи испанской фонетики, а не для славянской. Поэтому испанское происхождение остаётся основным.

Из-за редкости фамилии в России её носители — это, как правило, люди с ярко выраженной семейной историей, связанной с миграцией или международными браками. В отличие от массовых русских фамилий, Вилья не даёт подсказок о сословии предков: она могла принадлежать и крестьянину из испанской деревни, и городскому ремесленнику. В современных российских базах фамилия встречается точечно, чаще всего в крупных городах — Москве, Санкт-Петербурге, а также в южных регионах, где исторически был контакт с итальянскими и греческими переселенцами (испанский след мог смешаться с ними).

Таким образом, если вы носите фамилию Вилья, то с высокой вероятностью ваши предки — выходцы из испаноязычной среды, а сама фамилия — топонимическая метка, указывающая на место жительства: «тот, кто из деревни» или «житель виллы». Это не русская фамилия, а европейская, которая сохранилась в России как маркер необычной семейной биографии.