Фамилия Винцкусь звучит не по-русски, и это первая зацепка. В ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Окончание -ус, а также сочетание «вц» и «нц» выдают в ней фамилию польского или белорусского происхождения, адаптированную под местное произношение. Скорее всего, перед нами полонизированная или белорусизированная форма имени, которая попала в русскую среду.

В основе фамилии лежит имя Винцент (лат. Vincentius — «побеждающий»). В польском языке это имя дало уменьшительные формы Винцек, Винцко, Винцкусь. Суффикс -усь в польской и западноукраинской традиции — ласкательный, как в именах Янусь (от Ян), Стасюсь (от Станислав). Таким образом, Винцкусь — это не просто «сын Винцента», а скорее «маленький Винцент» или ласковое обращение к человеку по имени Винцент. Фамилия, таким образом, произошла от прозвища, данного по имени отца или деда.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам современной Беларуси (Гродненская, Брестская области) и восточной Польше (Подляшье). В этих краях католическое имя Винценты (или Викентий) было распространено, а уменьшительная форма Винцкусь закрепилась как фамилия. Встречаются варианты написания: Винцкус, Винцкус, Винцкусь. В русских переписях фамилию могли записать на слух, отсюда возможная путаница с мягким знаком на конце.

Версия о происхождении от литовского корня (ср. лит. Vincas — то же имя Винцент) тоже возможна, но менее вероятна: в литовском языке фамилии на -ус редки, а суффикс -усь — однозначно польский. Поэтому основная гипотеза — польская или белорусская, с уменьшительным суффиксом.

Носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или мелкой шляхты из бывшего Великого княжества Литовского. В дворянских родословных книгах Российской империи эта фамилия не фиксируется как столбовая, что говорит о её простонародном или однодворческом происхождении.