Фамилия Вишенин — редкий случай, когда при одинаковом звучании возможны два совершенно разных объяснения, и оба имеют право на существование. Всё упирается в то, как писали фамилию в старых документах: через «е» или через «ё».

Самая вероятная версия отсылает к слову «вишня». В этом случае фамилия образована по модели отчества от прозвища или нецерковного имени Вишня. Такие «растительные» имена (Репа, Гриб, Калина) были обычны в крестьянской среде до XVIII века. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Вишенин, то есть сын Вишни. Фонетически форма «Вишенин» (с ударением на второй слог) могла закрепиться, если в говоре «вишня» произносилась как «вишнЯ», а не «вИшня». В этом случае фамилия абсолютно аналогична более частым Вишнёву или Вишнякову, но с другим падежным суффиксом.

Вторая, более редкая гипотеза — связь с глаголом «вишнеть» (устаревшее диалектное слово, означавшее «вянуть, сохнуть, блекнуть»). В говорах Архангельской и Вологодской губерний «вишлый» значило «хилый, вялый». Тогда Вишенин — это отчество от прозвища Вишня, данного не по ягоде, а по характеру или внешности: медлительный, болезненный или, напротив, статный и сухой («высокий, как вишня» — тоже встречается в говорах). Правда, от глагола «вишнеть» скорее ждали бы форму Вишнев или Вишляев, но суффикс -ин в прозвищах на -я (Вишня) допускает такой вариант.

Географически фамилия Вишенин встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще — в центральных и южных регионах России, что косвенно поддерживает «ягодную» версию. В списках однодворцев и крестьян XVII–XVIII веков такая фамилия не зафиксирована, что говорит о её более позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда фамилии активно давали по прозвищам и уличным именам.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия стоит в ряду с Вишениным, Вишенцевым и Вишенским, но отличается от них суффиксом. -ин — самый массовый русский фамильный суффикс, обозначающий «чей-то», а не «откуда-то». Поэтому Вишенин — это «сын человека по прозвищу Вишня», а не «выходец из села Вишня».