Фамилия Вишенина — это в первую очередь «материнская» или «женская» фамилия по своей модели. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в древнерусском языке «Вишенин» значило «сын Вишени», а «Вишенина» — это либо жена Вишенина, либо потомок по женской линии. В современном употреблении фамилия закрепилась в женском роде, но её основа та же, что и у мужского варианта Вишенин.

Основа «Вишен-» почти наверняка связана со словом «вишня». Но не спешите думать, что предок был садоводом. В русских говорах «вишня» нередко служила прозвищем — так могли назвать человека с румяным, «вишнёвым» лицом, либо смуглого, либо того, кто любил эту ягоду до страсти. Иногда прозвище давали по месту жительства: у вишнёвого сада или в урочище Вишня. В ономастике известно, что фамилии от названий деревьев и плодов (Вишнёв, Яблочкин, Грушев) были распространены повсеместно, но форма на -ин встречается реже, чем на -ов, что делает Вишенину более локальной.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых регионах «вишеня» или «вишена» могло быть диалектным вариантом слова «вышина» — то есть высота, возвышенность. Тогда прозвище Вишена давали человеку высокого роста или тому, кто жил на холме. Однако эта гипотеза слабая: фонетический переход «ы» в «и» в корне нехарактерен для северных и центральных говоров, где фамилия чаще всего встречается.

Географически фамилия Вишенина тяготеет к северо-западу России — Вологодская, Архангельская области, а также к Вятке. В этих краях суффикс -ин в фамилиях от прозвищ и названий растений был особенно популярен, в отличие от южных областей, где преобладал -ов. Если ваши предки — из тех мест, то, скорее всего, Вишенины были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище закрепилось за конкретным родом ещё в XVI–XVII веках.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться через «и» или «ы» — Вишенина и Вышенина, что подтверждает колебания в произношении. Сегодня это редкая фамилия, и её носители, скорее всего, связаны единым корнем, уходящим в северорусскую деревню.