Фамилия Владычины образована от прозвища или мирского имени Владыка. В древнерусском языке «владыка» — это не только титул архиерея, но и господин, повелитель, хозяин. В быту так могли назвать властного, строгого человека, главу семьи или общины, либо того, кто занимал высокое положение в местной иерархии. Притяжательный суффикс -ин указывает на принадлежность: Владычины — буквально «чьи?» — люди из семьи Владыки.

Важно не путать эту фамилию с Владыкиными или Владыкиными. Владычины — редкий вариант, который встречается в основном в центральных и северных областях России. В документах XVII–XVIII веков фигурируют крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, но массово фамилия не распространилась. Вероятно, первоначально это было уличное прозвание, которое закрепилось за одной ветвью рода.

В церковной среде «владыкой» называли епископа, но прямое происхождение фамилии от духовного сана маловероятно: дети священнослужителей обычно получали фамилии по названию храма или по семинарским моделям (Рождественский, Троицкий), а не по титулу. Скорее, перед нами мирское имя-прозвище, характерное для крестьянской и купеческой среды. В ономастических словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не выделяется в отдельную статью, но вписывается в общую модель прозвищ от слов со значением «господин» (Барин, Хозяин, Господин).

Современные носители фамилии Владычины могут проследить свои корни в Вологодской, Костромской или Ярославской губерниях — именно там фиксируются старые записи о крестьянах Владычиных. Фамилия не утратила исходного смысла, и её обладатель сегодня интуитивно чувствует отсылку к власти и главенству, хотя в быту она звучит скорее как дань истории, чем как указание на характер.