Фамилия Владычинская — один из тех случаев, когда географическое прозвище и церковный титул переплелись в словообразовательной модели. Это типичная «именная» фамилия на -ский/-цкий, которая в дореволюционной России чаще всего указывала на владельца поместья или место жительства, а не на прямое родство с духовным лицом.

Основа фамилии — слово «владыка». В церковной среде так называли архиерея, епископа или митрополита. Но в бытовом, народном языке «владыкой» могли назвать и любого господина, хозяина, обладающего властью. Суффикс -ин- в основе «Владычин» указывает на принадлежность: «Владычин» — значит «относящийся к владыке», «принадлежащий владыке». А окончание -ская — это уже типичный формант дворянских и шляхетских фамилий, обозначающий связь с местностью.

Скорее всего, предок носительницы этой фамилии получил прозвище или фамилию по названию села или деревни Владычино, Владыкино или Владычинская. Таких топонимов в центральной России множество. Они возникали вокруг земель, принадлежавших монастырям или архиерейским домам. Село называли Владычиным, потому что оно было владычным — то есть находилось во владении епископа (владыки). Крестьянин, переехавший из такого села в город или на новое место, получал фамилию Владычинский — «тот, кто из Владычина». Со временем окончание могло закрепиться в женском роде как Владычинская.

Вторая возможная, но менее вероятная версия — фамилия могла образоваться напрямую от слова «владычица» (Богородица). В этом случае Владычинская — это фамилия, данная воспитаннице или служительнице при храме в честь иконы Божией Матери «Владычица». Однако церковные фамилии такого типа обычно образовывались от названий праздников (Рождественский, Успенский), а не от эпитетов.

С точки зрения словообразования фамилия интересна тем, что в ней сохранился редкий для русских фамилий суффикс -ын- (а не обычное -ин-). В основе «Владыч-ин-ская» двойной суффикс: сначала -ин- (притяжательный), затем -ск- (топонимический). Это делает её похожей на фамилии типа Голицынский или Царицынский — тоже образованные от именований владений.

В сословном плане фамилия Владычинская могла принадлежать как крестьянам (переселенцам из архиерейских вотчин), так и духовенству, и даже дворянам — если поместье называлось Владычино. Встречается она преимущественно в центральных и северных губерниях России, где было сильно церковное землевладение.