Фамилия Влагалищина — редкий и необычный случай в русской ономастике. Её основа сразу бросается в глаза и вызывает вопросы, но при разборе выясняется, что к анатомии современное слово имеет лишь косвенное отношение. Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин (женская форма — -ина), который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Влагалищин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Влагалище.

Корень здесь — «влагалищ-», который восходит к древнерусскому слову «влагалище». В старорусском языке это слово имело совершенно иное, бытовое значение: «влагалище» называли футляр, чехол, ножны, мешочек для хранения чего-либо (от глагола «влагать» — вкладывать). В документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Влагалище, Влагальщик — так могли прозвать мастера, делавшего ножны, сумы или кошели, либо человека, носившего при себе заметный мешок (например, сборщика податей или торговца). Сравните с фамилиями Ножницын, Кошелев, Мешков — все они образованы от названий предметов обихода.

Суффикс -щин- в основе (Влагалищ-ин) — это вариант притяжательного суффикса, типичный для фамилий от основ на шипящие (ср. Калашников, Свешников). Таким образом, Влагалищин — это сын Влагалища, то есть человека, которого окружающие называли по его ремеслу или характерному предмету.

В современном русском языке слово «влагалище» закрепилось за анатомическим термином, что создаёт ложное впечатление. Но для этимолога тут нет ничего скабрёзного: фамилия Влагалищина — ровесница таких же бытовых прозвищ, как Ковшов, Шубин, Ложкин. География фамилии узкая: по данным открытых источников, носители встречаются в основном в центральных и северных областях России (Вологодская, Костромская, Ярославская), где сохранились говоры, в которых «влагалище» ещё в XIX веке могло употребляться в значении «сума» или «кисет». Если вы носитель этой фамилии, ваши предки, скорее всего, были ремесленниками, кожевниками или торговцами, а не обладателями неловкого прозвища — просто язык со временем изменил значение слова.