Фамилия Водорацкие — редкий пример славянской фамилии, образованной от названия растения. В основе лежит мирское имя Водорад. Так в старину называли водокрас (Hydrogethon) — водное растение, которое встречается в стоячих водоёмах средней полосы. Вероятно, имя Водорад давали ребёнку по языческому обычаю: считалось, что через имя природа примет младенца как своего и передаст ему жизненную силу и стойкость этого растения.

Фамилия построена по типичной для восточных славян модели: суффикс -ск- указывает на принадлежность к роду или местности, а окончание -ий (в мужском роде — Водорацкий) закрепилось в польской и западнорусской традиции. Чередование д/ц в корне (Водорад → Водорацкий) — обычное фонетическое явление, когда звонкий согласный перед суффиксом -ск- переходит в свистящий.

Судя по суффиксу, фамилия могла сложиться в среде шляхты или духовенства, где были распространены фамилии на -ский/-цкий. Однако не исключён и крестьянский вариант: в некоторых регионах такую фамилию давали по прозвищу, связанному с растением или занятием — сбором водорослей, рыболовством, жизнью у воды.

Точная география фамилии Водорацкие сегодня невелика: носители встречаются в Беларуси, на западе России и в восточной Польше. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется массово, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от названия урочища или хутора.

Ошибочно связывать фамилию с «водой» и «ратью» (как «водная рать») — это народная этимология, не подтверждённая лингвистически. Корень здесь именно растительный, а не военный.