Фамилия Водорацкий — редкий пример, когда в основе лежит не прозвище или профессия, а народное название водного растения. Исходное мирское имя Водорад (или водорадка) давали в честь растения Hydrogethon — так в некоторых русских говорах называли водокрас или другой водяной цветок. Давая ребёнку имя по растению, родители верили, что природа примет его как своего и передаст ему жизненную силу и чистоту, свойственные водному цветку.

Словообразовательно фамилия выстроена по модели «основа + суффикс -цк- + окончание -ий». Суффикс -ский (в форме -цкий после корня на -д) в русских фамилиях чаще встречается у дворянских или польских родов, но в крестьянской среде он тоже бытовал, особенно на западе и юге России. В данном случае он указывает на принадлежность к роду человека по имени Водорад: Водорад → Водорадский → (с упрощением «дс» в «ц») Водорацкий.

Стоит отметить, что фамилия очень редкая. Основная версия — растительная, и она наиболее правдоподобна, так как народные имена от названий трав и цветов (Ромашка, Василёк, Водорад) в дохристианской Руси были обычным делом. Альтернативное объяснение — связь с топонимом Водорада или Водорадье — маловероятно из-за отсутствия таких названий на картах. Таким образом, предки Водорацких, скорее всего, жили вблизи водоёмов и давали детям имена по окружающей природе, закрепляя связь человека с местным ландшафтом через имя.