Фамилия Водонаев — один из тех случаев, когда прозрачная основа обманчива. Кажется, что она напрямую связана с водой, но на деле всё сложнее и интереснее. Разберём словообразовательную модель: в основе лежит корень «вод-», за ним следует суффикс «-она-» (редкий и нестандартный для русских фамилий), а затем патронимический суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Водонаев). Обычно такие фамилии образовывались от прозвищ или мирских имён, а не от прямых названий профессий.

Самая правдоподобная версия — прозвище Водонай. В русских говорах «водонай» или «водоной» могли называть человека, который постоянно возится с водой: водовоза, ключника, мельника или того, кто жил у воды и славился своим промыслом. Форма «Водонай» со временем превратилась в «Водонаев» по той же модели, что и «Кожемяка» — «Кожемякин». Суффикс «-она-» в прозвище мог возникнуть из диалектного произношения или как вариант от «водяной» — то есть человек, связанный с водной стихией, возможно, даже с несколько мистическим оттенком.

Менее вероятная, но любопытная гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «вод» или «вуд» означает «он сам» или «тот самый», а «онай» — «понятный», «ясный». Тогда Водонаев могло быть русифицированной формой тюркского имени или прозвища, которое потом переосмыслили на русской почве как «водяное». Однако эта версия менее распространена и не имеет твёрдых подтверждений в ономастических справочниках.

Географически фамилия встречается в южнорусских и поволжских регионах, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае. Там, где реки и водные пути были основой хозяйства, прозвища, связанные с водой, давали чаще. Водонаевы могли быть казаками или крестьянами, чей род занятий — рыболовство, перевозка грузов по воде или работа на мельнице — дал фамилию.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямого упоминания Водонаева нет, но модель образования через редкий суффикс «-она-» подтверждается примерами вроде «Боронаев» (от «борона») или «Солонаев» (от «солоный»). Это говорит о том, что фамилия — не случайное искажение, а продукт живой народной словообразовательной традиции, где прозвище могло звучать необычно для современного уха.