Фамилия Воеводенков — одна из тех, где прозрачная основа скрывает неочевидный механизм образования. Корень «воевод-» ясно указывает на воинское или административное звание — воеводу, то есть военачальника, правителя города или области в допетровской Руси. Однако фамилия образована не напрямую от этого слова, а через промежуточную форму — отчество или прозвище Воеводенок.

Суффикс «-енок» (в современном произношении и написании часто «-ёнок») в русских фамилиях — явление редкое и территориально окрашенное. Он характерен для северных и северо-западных говоров, особенно для бывших новгородских земель и Поморья. В этих краях «-енок» означал «сын» или «молодой, малый»: Воеводенок — буквально «сын воеводы» или, что вероятнее, «маленький воевода», то есть прозвище, данное либо сыну человека, имевшего отношение к воеводской службе, либо просто парню, которого в шутку называли воеводой за важный вид или командирские замашки. Затем к основе «Воеводенок» добавился стандартный патронимический суффикс «-ов», закрепивший фамилию за потомками этого человека: Воеводенков — «из рода Воеводенка».

Географически фамилия Воеводенков тяготеет к тем же регионам. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Встречается она и в бывших новгородских пятинах, что подтверждает связь с северной диалектной зоной. В центральных и южных областях России эта фамилия редка — там «детские» суффиксы обычно иные (-ов, -ин, -ский, -ич).

Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была разнородной. Прямое указание на воеводу в основе не означает, что предки были знатными. В XVI–XVII веках прозвище Воевода давали не только служилым людям, но и крестьянам, и посадским — за властный характер или за то, что человек когда-то служил в войске. Фамилия Воеводенков, таким образом, могла принадлежать и детям боярским, и государственным крестьянам севера. Точнее определить без генеалогического исследования по конкретной ветви невозможно.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Воеводин, Воеводский, Воеводов — показывает, что Воеводенков стоит особняком. Суффикс «-енков» встречается у фамилий вроде Козленков, Орленков, Жеребенков, то есть образованных от названий детёнышей или уменьшительных прозвищ. Воеводенков — редкий случай, когда воинское звание «уменьшили» до «сына» или «малыша», что придаёт фамилии неформальный, почти прозвищный оттенок.