Фамилия Воеводин в своей основе имеет прозвище Воевода, которое, вопреки ожиданиям, не обязательно указывало на высокий военный чин. Скорее всего, Воеводиным называли не самого потомка воеводы, а человека, который находился при нём в услужении или подчинении — отсюда и патронимический суффикс -ин, отвечающий на вопрос «чей?»: чей сын? — Воеводин. Однако прозвище Воевода могло закрепиться и за человеком с бойким, властным или драчливым нравом: в некоторых русских диалектах так называли не только командиров, но и ловких, скорых в работе людей, а порой и задир с хулиганскими повадками.

Первые письменные свидетельства о фамилии относятся к концу XV века. В новгородских документах 1495 года упомянуты помещики Алексей, Мордвин и Сыч Воеводины. Эта ранняя фиксация интересна ещё и тем, что показывает: уже в XV веке фамилия бытовала среди землевладельцев, а не только среди крестьян или служилых людей. Сама же основа — слово «воевода» — общеславянского происхождения и буквально означает «воевода, военачальник». Фамилия Воеводин — одна из немногих, где прозвищная форма сохранила не столько прямое указание на должность, сколько на социальную или поведенческую характеристику предка.