Фамилия Воеводин образована от прозвища Воевода. Вопреки первому впечатлению, маловероятно, что её получил потомок самого воеводы. Скорее, Воеводиным называли того, кто этому воеводе принадлежал — например, слугу, холопа или дружинника. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Воеводин буквально означает «сын воеводы» или «человек воеводы».

Однако прозвище Воевода могло закрепиться и за человеком с ярким характером. В народных говорах воеводами дразнили бойких, ловких, скорых в работе людей, а иногда — драчунов и задир. Так что носитель фамилии мог быть и не связан с военной службой, а просто выделяться поведением.

Первые письменные упоминания фамилии относятся к концу XV века: в новгородских документах за 1495 год записаны помещики Алексей, Мордвин и Сыч Воеводины. Эта ранняя фиксация в Новгородской земле — одна из самых ценных деталей, так как она связывает фамилию с конкретным регионом и социальным слоем (служилые землевладельцы). Позднее фамилия распространилась шире, но её новгородские корни остаются заметными.