Фамилия Воеводина происходит не от должности, а от прозвища Воевода. В старину так могли назвать не только человека, который реально командовал войском, но и задиристого, властного соседа, умевшего настоять на своём, — или того, кто вёл свадебный поезд, выполняя роль «воеводы» в народном обряде. Прозвище давали по характеру или поведению, а не обязательно по службе.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Воевод- добавлен суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на «чей?» — то есть Воеводина буквально значит «дочь (или жена) Воеводы», а в историческом контексте — «из рода Воеводы». Мужской вариант фамилии — Воеводин.

Первое документальное упоминание относится к 1495 году: в новгородских писцовых книгах записаны помещики Воеводины — Алексей, Мордвин и Сыч. Эта запись ценна тем, что показывает: уже в XV веке фамилия бытовала в Новгородской земле, причём у людей разного социального положения — не только у бояр, но и у помещиков. Сами имена (Мордвин, Сыч) указывают на некалендарные, мирские прозвища, что типично для допетровской Руси.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Воеводина — одна из многих «военных» фамилий, но в отличие от фамилий на -ский (Воеводский) или на -ов (Воеводов), вариант с -ин привязан к личному прозвищу, а не к топониму или должности. Это делает её более «домашней» по происхождению.

Если ваш предок носил эту фамилию, он с большой вероятностью происходил из северо-западных земель Руси (Псков, Новгород), где такие именования фиксировались раньше всего. Сама фамилия нередкая, но не массовая — встречается в центральной России, на Урале и в Сибири, куда её занесли переселенцы в XVII–XVIII веках.