Фамилия Воейкина — женская форма мужской фамилии Воейкин, и в её основе лежит не церковное имя, а прозвище. Разбирать её стоит с редкого и живого корня «вой-», который в древнерусском языке означал «воин», «ратник». Слово «вой» (в диалектах — «воя») фиксируется в памятниках как обозначение бойца, участника похода. Отсюда и прозвище Войко или Воейка — так могли назвать человека воинственного, драчливого или просто служилого, кто постоянно в «воях» ходил.

Суффикс -ейк- в основе Воейка — уменьшительно-ласкательный, как в именах Ванька, Санька. То есть Воейка — это не официальное прозвище, а бытовое, домашнее: «маленький воин» или «вояка», возможно, с оттенком иронии. К такой основе прибавился стандартный русский патронимический суффикс -ин, который указывал на принадлежность: «сын Воейки». Модель типичная для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин образовывались от слов с окончанием на -а/-я.

Спорных версий немного. Иногда Воейкина пытаются сблизить с тюркским «вой» (масло, жир) или с глаголом «выть», но это натяжки: ни по смыслу, ни по географии такие гипотезы не подтверждаются. Воейкины — старорусский род, известный с XV–XVI веков, и их фамилия устойчиво связывается именно с воинской терминологией. В дворянских родословных книгах Воейкины записаны как служилые люди, помещики, что косвенно подтверждает прозвищную основу: предок явно был «воей» — ратником.

Сегодня фамилия нечастотная, встречается в основном в центральной России и Поволжье, что совпадает с зоной расселения служилого сословия Московского государства.