Фамилия Воейкова образована от имени или прозвища Воейко, которое, в свою очередь, связано с древнерусским мирским именем Воин. В старину имя Воин давали не просто как пожелание воинской доблести — так называли мужчину-бойца, солдата. Среди святых встречаются те, кто наряду с каноническим именем носил прозвище по роду занятий: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин. Со временем такое «полное» именование святого стало крестильным, и младенцев нарекали уже каноническим именем Воин. От него образовалась уменьшительная форма Воейко, которая и легла в основу фамилии.

Суффикс -ов- в фамилии Воейкова указывает на принадлежность: «чей?» — «Воейков», то есть сын или потомок Воейка. Эта модель типична для русских фамилий, которые начали закрепляться в среде знати и богатых людей уже в XV–XVI веках, передаваясь из поколения в поколение.

Существует и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от названия местности. Некогда на Днепре стоял древний город Воинь, а в русской топонимике встречаются селения с корнем Воин- (Воинское, Воиново). Однако связь с личным именем выглядит убедительнее: прозвище Воин было широко распространено, и именно оно дало начало множеству однокоренных фамилий — Воинов, Воинков, Воейков. Фамилия Воейкова — одна из них, и её история начинается с человека, которого в быту или при крещении нарекли Воином.