Фамилия Воейковы образована от имени собственного, но её основа не так прозрачна, как кажется на первый взгляд. В основе лежит мирское имя Воин. Однако прямо от него фамилию не образовали: в русском языке суффикс -ейк- указывает на уменьшительную форму. Сначала появилось прозвище Воейко — ласкательное или обиходное сокращение от Воин. Именно эта форма, Воейко, и стала источником: к ней добавили типичный русский суффикс -ов, означающий «чей?», «из семьи кого?». Так Воейковы — буквально «дети Воейка», то есть потомки человека, которого в быту звали Воейко вместо полного имени Воин.

Имя Воин было не редким прозвищем, а вполне каноническим крестильным именем. В святцах почитается святой Иоанн Воин — римский воин-христианин, память которого приходится на 30 июля. Родители, давая ребёнку имя Воин, ориентировались именно на этого святого, а не просто на род занятий. Уменьшительная форма Воейко возникала естественно, как Ваня от Иван или Петя от Пётр. Со временем эта форма закрепилась в документах и перешла в фамилию.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование. В древнерусских летописях упоминается город Воинь на Днепре (территория нынешней Черниговской области). Житель такого города мог получить прозвище Воейко по месту жительства, а его потомки — стать Воейковыми. Однако против этой гипотезы говорит то, что прозвища по названиям городов обычно оформлялись суффиксами -ский/-ской (Воинский), а не -ов. Поэтому версия с личным именем Воин и его уменьшительной формой Воейко остаётся основной.

Фамилия Воейковы — один из примеров того, как мирское, бытовое имя, пройдя через уменьшительную форму, стало родовым. В XV–XVI веках, когда фамилии начали закрепляться в среде служилых людей, форма Воейков уже звучала как указание на конкретный род. О точном месте возникновения фамилии говорить сложно, но её структура — типичный памятник славянской ономастики, где за простым суффиксом скрывается история имени, которое когда-то носил конкретный человек.