Фамилия Волынько образована от прозвища Волынка. Волынка — традиционный духовой инструмент, распространённый у многих народов Европы и Азии. Это воздушный резервуар из телячьей или козьей шкуры, сшитой наглухо в виде бурдюка, с трубкой для нагнетания воздуха и одной или несколькими игровыми трубками для полифонического звука. Прозвище Волынка мог получить либо мастер, делавший эти инструменты, либо музыкант, игравший на них. Со временем прозвище закрепилось как наследственное имя и вытеснило прежнее родовое.

В словообразовательном плане фамилия Волынько — типичный пример украинской или белорусской модели с суффиксом -к(о). Этот суффикс часто придаёт фамилии оттенок уменьшительности или принадлежности: Волынько буквально означает «сын (или потомок) Волынки». Такие фамилии особенно характерны для западных и центральных регионов Украины, а также для юга Беларуси. В русской традиции аналогичная форма была бы Волынкин, но украинский вариант сохранил мягкий знак в основе и типичное окончание.

В отличие от распространённых фамилий, образованных от имён или профессий, Волынько выделяется редкой музыкальной основой. В словарях украинских фамилий (например, у Ю. К. Редько) подобные формы встречаются, но нечасто, что делает эту фамилию ценной для локальной ономастики. Географически фамилия Волынько чаще всего фиксируется на Волыни и в соседних областях — что созвучно и названию региона, хотя прямой связи с топонимом «Волынь» нет: корень здесь именно музыкальный.

Версия о происхождении от названия региона (Волынь) маловероятна: для такого образования потребовался бы суффикс -ский (Волынский) или -ец (Волынец). Форма с -к(о) однозначно указывает на прозвище, а не на географическое имя. Таким образом, предки носителей фамилии Волынько с высокой вероятностью были музыкантами или ремесленниками, связанными с изготовлением волынок.