Фамилия Ворожайкин хранит в основе редкий глагольный корень, который сразу выдает занятие предка. Это не просто прозвище, а указание на профессию или особую склонность человека: «ворожать» в старину означало колдовать, ворожить, гадать. Соответственно, Ворожай — тот, кто этим занимается, ворожбит, знахарь. Суффикс -ай- в таких прозвищах (сравните: ломай, стреляй, гуляй) придавал слову оттенок активного действия, часто с пренебрежительным или шутливым оттенком. Так что первый носитель прозвища Ворожай был, скорее всего, деревенским колдуном или знахарем, к которому ходили за советом, приворотом или лечением.

Модель образования фамилии по суффиксу -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ворожайкин, то есть сын или потомок Ворожайки. Двойной суффикс -к-ин здесь не случаен: сначала от прозвища Ворожай образовали уменьшительную или уничижительную форму Ворожайка (так могли называть молодого ворожея или того, к кому относились с опаской и насмешкой), а затем уже от неё пошла фамилия. Это типичная схема для русских фамилий на -ин, где основа оканчивается на -а, -я.

Встречаемость фамилии невысока. Судя по географии носителей, она тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к бывшим территориям Рязанской и Тамбовской губерний. Там вера в деревенскую магию и знахарство держалась особенно долго, и прозвище Ворожай могло закрепиться за целым родом, чей основатель промышлял такими делами. В отличие от более распространённой фамилии Ворожцов, где суффикс -ец указывает на лицо (ворожец — колдун), вариант Ворожайкин сохранил более живую, разговорную форму прозвища.

В этимологических словарях фамилию не комментируют отдельно, но её корень хорошо описан в контексте древнерусских прозвищ от глагола «ворожити». Любопытно, что в некоторых говорах «ворожай» могло означать не только колдуна, но и болтуна, пустомелю — того, кто «наворожит с три короба». Однако первое, прямое значение — профессиональное — остаётся главным. Так что предки Ворожайкиных, при всей неоднозначности ремесла, были людьми заметными в своей деревне: без них не обходилась ни свадьба, ни лечение, ни поиск пропажи.