Фамилия Ворожейкины — один из тех редких случаев, когда фамилия образована не от мужского, а от женского прозвища. Основа здесь — слово «ворожейка» (женщина, занимавшаяся ворожбой, гаданием, знахарством). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ворожейкин буквально значит «сын Ворожейки» или «потомок женщины по прозвищу Ворожейка». Модель образования та же, что у фамилий типа Глафирин, Матрёнин, но в основе лежит не имя, а прозвище по роду занятий.

Прозвище Ворожейка могли дать не только самой знахарке, но и её мужу или детям — по характерному признаку семьи. В русских говорах слово «ворожейка» бытовало шире, чем литературное «ворожея», и нередко имело нейтральный или даже уважительный оттенок: в деревне к ворожейкам ходили за советом, лечением, приворотами. Соответственно, фамилия не несёт негативной окраски, а фиксирует профессиональное прозвище предка.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Нижегородской, Костромской, Вятской губерний — там, где знахарские традиции сохранялись дольше. Суффикс -ейк- в прозвище (Ворожейка) характерен для севернорусской и владимиро-поволжской диалектной зоны.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от мужских имён и прозвищ, Ворожейкины — пример «матрилинейного» следа в русской антропонимии. Такие фамилии встречаются реже и обычно указывают, что прозвище закрепилось за женщиной, которая играла заметную роль в своей семье или общине. О точном времени возникновения фамилии судить сложно: процесс шёл постепенно, но по модели образования можно отнести её к пласту XVI–XVII веков, когда активно оформлялись фамилии от прозвищ.