Фамилия Воложайкин — один из тех случаев, когда прозвище человека прямо указывает на его малую родину. В основе лежит слово «воложайка»: так в старину называли жителя Вологды, наряду с другими вариантами — воложанин, вологжанин. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын Воложайки. Модель образования типична для русских фамилий от прозвищ на -а/-я.

Название города Вологда впервые упоминается в летописях под 1147 годом, и его происхождение остаётся предметом споров. По одной из версий, оно связано со словом «волок» — местность, где перетаскивали суда между реками. По другой, более лингвистически аргументированной, название восходит к финно-угорскому корню со значением «чистая вода» (река Вологда). Вторая гипотеза объясняет и характерный для северных земель звуковой облик топонима.

Само прозвище «Воложайка» — не просто указание на место рождения. В системе русских неофициальных имён такие «географические» прозвища давали человеку, который переехал из одного региона в другой, чтобы отличить его от местных. Носитель фамилии Воложайкин, скорее всего, потомок выходца из вологодских земель, который обосновался в другом краю и получил прозвище по прежнему месту жительства.

Фамилия редкая, встречается в основном на севере европейской части России и в Сибири — зонах, куда традиционно направлялись миграционные потоки из Вологодской губернии. Суффикс -айк- в основе (Волож-айк-а) придаёт прозвищу фамильярно-уменьшительный оттенок, характерный для бытовой речи.