Фамилия Войдилов — один из тех случаев, когда внешне прозрачная форма скрывает неожиданное происхождение. На первый взгляд, кажется, что в основе лежит глагол «войти» или существительное «войд» (устаревшее «вход»). Но это ложный след. Ономасты сходятся во мнении, что корень здесь иной: от древнерусского имени-прозвища Войдил(о), которое, в свою очередь, восходит к глаголу «воить» — в старых говорах «выть, завывать» или, в переносном смысле, «кричать, шуметь, издавать громкие звуки». Таким образом, Войдилом могли прозвать обладателя зычного голоса, крикуна или заводилу.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Войдил-, дав притяжательное прилагательное «Войдилов сын» — то есть потомок Войдила. Суффикс -ил(о) в прозвищах характерен для древненовгородских и псковских земель (сравните: Гудило, Шумило, Кричило). Это сразу указывает на вероятный ареал возникновения фамилии: северо-запад Руси, возможно, Новгородская или Псковская губернии.

Важно различать фамилию Войдилов и однозвучную, но другую по происхождению Войдилову (от названия села Войдилово). Встречаются и варианты написания через «а» — Вайдилов, но это уже следствие акающего произношения, а не иной основы. В документах XVII–XVIII веков носители фамилии фиксируются как крестьяне и посадские люди, что подтверждает её «низовое», прозвищное происхождение без связи с дворянскими родами.

Таким образом, Войдилов — фамилия, рассказывающая о предке, который выделялся голосом: возможно, он был глашатаем, пастухом, сзывавшим стадо, или просто человеком с громким нравом. Географическая привязка к северо-западу России и суффиксальная модель делают её довольно редкой, но исторически цельной.