Фамилия Войдикова — женская форма от Войдиков, и её разумнее всего начинать с мужского варианта. В основе лежит имя или прозвище Войдик. Это некалендарное имя, образованное от глагола «войти» или существительного «войд» (в диалектах — «вожак», «предводитель»). Но есть и другая, более прозрачная версия: Войдик — это уменьшительная форма от крестильного имени Войтех (чешское Vojtěch, в русской традиции иногда адаптировалось как Войцех). Имя Войтех значит «утешение воинов» или «радость войска», и в западных и южных регионах России, особенно в среде переселенцев из Польши, Беларуси и Украины, такие имена давали в честь святого Войтеха-Адальберта.

Суффикс -ик в фамилии указывает на «сына» или «потомка»: Войдик — это человек из рода Войдя или Войда. То есть фамилия Войдиков буквально означает «принадлежащий Войдику». Интересно, что основа могла быть и прозвищной: «войдиком» в некоторых говорах называли того, кто умел ловко входить в доверие, проникать куда не просят — нечто вроде «пройдохи» или «ловкача». Но эта версия менее вероятна: прозвище на -ик в таком значении встречается редко, а имя Войтех и его производные — вполне обычны для славянского ономастикона.

Географически фамилия Войдиков (и, соответственно, Войдикова) тяготеет к юго-западу России и востоку Украины. В переписях XIX века носители встречаются в Курской, Воронежской губерниях, а также среди казачества. Это не дворянская фамилия, а крестьянская или мещанская, что типично для отчеств, образованных от простонародных форм крестильных имён.

В современном написании фамилия встречается редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваши предки Войдиковы, скорее всего, они были выходцами из чернозёмной полосы или с Украины, и в роду могло быть имя Войтех или Войдик, перешедшее в фамилию.