Фамилия Войникова — это женская форма фамилии Войников, и её разбор стоит начать с мужского варианта, который образован от прозвища или имени Войник. Основа здесь — корень «войн-», напрямую связанный со словом «воин». Суффикс «-ик» в русских прозвищах часто указывал на принадлежность к чему-либо или на характерный признак: Войник — это, скорее всего, «тот, кто имеет отношение к войне», то есть воинственный человек, служилый, солдат. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Войник → Войников (чей сын?) → Войникова (дочь или жена).

Интересно, что, в отличие от распространённых фамилий на «-ов» от канонических имён (Иванов, Петров), основа Войник — это не церковное, а мирское прозвище. В старину такие «воинские» имена давали не только за реальную службу, но и как пожелание силы или защиты. Встречаются также однокоренные фамилии Войнов, Войнин, Войновский, но Войников стоит особняком из-за редкого суффикса «-ик», который в русской ономастике чаще встречается в украинской и белорусской традиции (например, Ковалик, Гончарик). Это может указывать на южнорусское или западнорусское происхождение рода, где прозвищная модель с «-ик» была более живучей.

Географически фамилия Войников (и Войникова) не является массовой. Она встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. В дореволюционных переписях носители такой фамилии могли быть как крестьянами, так и казаками, поскольку прозвище Войник хорошо вписывалось в военно-служилую среду. Точных данных о сословной принадлежности всех носителей нет, но по модели образования ясно: предок нынешних Войниковых получил фамилию не по имени святого, а по своей жизненной роли или характеру.

Споров о происхождении немного. Альтернативная версия — от имени Война (сокращённой формы от славянских имён вроде Войнислав) — маловероятна, так как суффикс «-ик» указывает на прозвище, а не на уменьшительное имя. Ещё реже фамилию пытаются связать с польским «wojnik» (воин), но это лишь подтверждает ту же семантику. Таким образом, Войникова — фамилия с прозрачной внутренней формой, указывающая на предка, который был воином или носил соответствующее прозвище.