Фамилия Войников — одна из тех, что напрямую отсылает к военному делу. В её основе лежит прозвище Войник, которое образовано от нарицательного «воин». Проще всего предположить, что предок носителя этой фамилии был военным человеком: служилым, ратником или дружинником. Однако есть и второй, менее очевидный путь происхождения.

По другой версии, фамилия восходит не к прозвищу, а к личному имени Войник. В старину, особенно в среде малограмотных священников, случались ошибки при крещении: младенца могли наречь не каноническим именем святого, а его прозванием. Так в обиход вошли имена Воин, Войнал, Войник — они закреплялись за человеком как официальные, хотя и не были традиционными. Со временем такое именование становилось основным и передавалось детям.

Суффикс -ов в фамилии Войников — классическая русская патронимическая модель, указывающая на принадлежность: «сын Войника». Таким образом, фамилия закрепилась за потомками человека, которого звали Войником, независимо от того, было это прозвище по роду занятий или редкое личное имя.

С точки зрения географии, фамилия Войников встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где суффикс -ик в прозвищах и именах был особенно распространён. В отличие от более очевидных «военных» фамилий вроде Воинов, форма Войников сохраняет оттенок диалектного или народного произношения.