Фамилия Войнилов, скорее всего, образована от названия деревни Войнилы в Чаусском районе Могилёвской области Белоруссии. Такая модель — по названию населённого пункта с помощью суффикса -ов — типична для русских и белорусских фамилий, которые закрепились за бывшими крестьянами или мещанами, переселившимися в другие места. В этом случае основа — топоним, а фамилия отвечает на вопрос «чей?»: выходец из Войнилов.

Вторая версия выводит прозвище Войнил из словацкого vojin — «воин». Здесь фамилия — прямое указание на род занятий или личное качество предка: храбрый боец, военный человек. Слово vojin родственно общеславянскому vojь («воин», «войско»), и такое прозвище могли дать не только профессиональному солдату, но и удачливому охотнику или просто драчуну.

Третья гипотеза связывает прозвище Войнил со старолитовским глаголом vainoti — «бранить». Если это так, то фамилия отражала характер родоначальника: строгий, ворчливый или склонный к резким высказываниям человек. В пользу этой версии говорит география: Могилёвщина — историческая зона контакта славянских и балтских языков, поэтому литовский след в местных фамилиях не редкость.

Из трёх объяснений топонимическое выглядит самым надёжным: деревня Войнилы существует, и для Белоруссии характерны фамилии на -ов, образованные от названий окрестных сёл. Версия со словацким vojin менее убедительна — словацкое влияние на белорусские прозвища маловероятно. А литовский глагол vainoti возможен, но как единственное объяснение — слабоват, потому что не подкреплён другими однокоренными фамилиями в регионе (например, Войнис, Войнилович, которые были бы логичны при балтской основе). Скорее всего, фамилия Войнилов — это «географическая» метка, указывающая на родовое гнездо в деревне Войнилы.