Фамилия Войниленко, вероятнее всего, ведет начало от прозвища Войнило, которое этимологически связано со славянскими нарицательными «воин» и «война». Следовательно, прозвище Войнило мог получить боец, солдат, военный. Однако в переносном значении так могли прозвать лихого, бойкого, воинственного человека или того, кто чем-либо внешне или по поведению напоминал солдата. Не исключено и то, что Войнило — это производная форма личного имени Воин. Известно, что некоторые святые наряду с именем носили прозвание по своим особенностям или роду деятельности: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин и т.д. Иногда священники по ошибке нарекали младенца не именем святого, а его прозванием, в результате чего появились люди с официальным именем Воин. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Войнило восходит к старолитовскому глаголу vainoti, то есть «бранить». Исходя из этого, можно предположить, что предок современного носителя фамилии Войниленко был строгим человеком. Так и прозвище Войнило закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Войниленко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Войнило, со временем получил фамилию Войниленко. Так, например, в Книге памяти Пермской области упоминается украинец Войниленко Давид Алексеевич, который родился в 1876 году в селе Писаревка Сумской области Украины. Из документов Белгородской области известен Войниленко Семен Иванович, родившийся в 1882 году и проживавший в поселке Борисовка Курской области.