Фамилия Войнилка — редкий пример, где за основу взято не имя и не ремесло, а прозвище, описывающее характер или род занятий. Скорее всего, так называли человека, имевшего прямое отношение к военному делу: бойца, солдата. В переносном смысле прозвище могло закрепиться за драчуном, задирой или просто бойким и воинственным человеком, который по поведению напоминал служивого.

Интересно, что у фамилии есть и «именная» версия. В святцах встречается прозвание «Воин» — например, Иван Воин. Иногда священники по ошибке или небрежности записывали младенца не именем святого, а его прозванием, так что официальное имя Воин действительно существовало. От него и могла образоваться уменьшительная форма Войнилка.

Есть и третья, менее очевидная, но возможная гипотеза. Прозвище могли связать со старолитовским глаголом vainoti — «бранить». В таком случае Войнилкой называли строгого, ворчливого человека, любителя читать нотации. Эта версия не столь популярна, но её стоит учитывать, особенно учитывая, что фамилия могла бытовать на западных, пограничных с Литвой территориях.

В любом из трёх случаев фамилия Войнилка — не про войну как событие, а про человека: либо воина, либо задиру, либо бранчливого старика. Суффикс -к- указывает на то, что прозвище было скорее бытовым, ласкательным или уменьшительным, а значит, закрепилось в среде, где человека знали не по официальному чину, а по повседневной кличке.