Фамилия Войнилка, вероятнее всего, ведет начало от аналогичного прозвища, которое этимологически связано со славянскими нарицательными «воин» и «война». Следовательно, прозвище Войнилка мог получить боец, солдат, военный. Однако в переносном значении так могли прозвать лихого, бойкого, воинственного человека или того, кто чем-либо внешне или по поведению напоминал солдата. Не исключено и то, что Войнилка — это производная форма личного имени Воин. Известно, что некоторые святые наряду с именем носили прозвание по своим особенностям или роду деятельности: Иван Постник, Иван Воин, Зосима Воин и т.д. Иногда священники по ошибке нарекали младенца не именем святого, а его прозванием, в результате чего появились люди с официальным именем Воин. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Войнилка восходит к старолитовскому глаголу vainoti, то есть «бранить». Исходя из этого, можно предположить, что предок современного носителя фамилии Войнилка был строгим человеком.