Фамилия Войнилко — довольно редкая и по-своему загадочная. Её происхождение напрямую связано с восточнославянской моделью образования фамилий на -ко, которая особенно характерна для украинских и белорусских земель. Этот формант (суффикс) в прошлом часто выполнял уменьшительную или субъективно-оценочную роль, а в фамилиях закрепился как маркер принадлежности к потомкам человека с таким прозвищем. Таким образом, Войнилко — это «маленький Войнило» или «сын Войнилы».

Основа фамилии — корень «войн-». Здесь открывается пространство для двух основных версий. Первая и самая очевидная — прозвище Войнило мог получить воинственный, драчливый человек, «войн» в бытовом смысле. Вторая версия, более глубокая и, возможно, более точная, — это связь с древним славянским личным именем Воин (Война). В дохристианские времена имена подобного типа (Воик, Воинег, Воин) были распространены и давались мальчикам с пожеланием стать защитником или воителем. Форма Войнило — это производная, уменьшительная форма от такого имени, с суффиксом -ил-, который в древнерусском языке имел прозвищное значение (ср. Мил, Мила, Берило, Путило).

С точки зрения географии, фамилия Войнилко с высокой вероятностью имеет западноукраинские или белорусские корни. Суффикс -ко в сочетании с основой на «-ой-» (Войн-) встречается в исторических документах Черниговщины, Волыни и Галиции. Стоит отметить, что в польском языке существует фамилия Wojniłko, что может указывать на возможность пересечения границ или шляхетское происхождение некоторых носителей, хотя доказательств принадлежности к дворянству для этой фамилии в открытых источниках нет.

В отличие от фамилий с прозрачным значением вроде Кузнецов или Попов, Войнилко сохраняет оттенок личного прозвища. Первый носитель, скорее всего, не был профессиональным военным, а получил своё имя-прозвище от окружающих или по наследству от предка, которого звали коротко и ёмко — Войнило. Сегодня эта фамилия остаётся малочисленной, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: любое упоминание в метрических книгах XIX века может стать ключом к восстановлению семейной истории.