Фамилия Войнилова — один из тех случаев, когда происхождение можно связать и с местом, и с характером человека. Самая прямая версия — топонимическая: в Чаусском районе Могилёвской области Белоруссии есть деревня Войнилы. Выходцы из таких сёл часто получали фамилию по названию родного края, так что предок Войниловых мог быть просто переселенцем, которого записали «из Войнил».

Но есть и другой вариант, который не отменяет первый, а скорее дополняет его. Прозвище Войнил могло возникнуть и независимо от географии. В словацком языке слово vojin означает «воин» — такое прозвище могли дать храброму, опытному бойцу. Суффикс -ил характерен для прозвищ, образованных от глаголов или существительных, и часто указывал на деятеля: Войнил — тот, кто «воюет» или «воинствует».

Третья гипотеза ведёт в сторону балтийских языков. Старолитовский глагол vainoti переводится как «бранить», «ругать». В таком случае прозвище Войнил могло отражать крутой нрав или строгость родоначальника. Эта версия менее распространена, но лингвистически возможна, особенно если учесть, что белорусские земли исторически соседствовали с литовскими.

Сама фамилия имеет форму на -ов, что типично для русских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ или топонимов. Женский вариант Войнилова указывает на то, что в основе лежит мужская форма Войнилов. Таким образом, перед нами либо «сын Войнила», либо «выходец из Войнил». Какая из версий верна для конкретной семьи — зависит от того, где жили предки и каким их помнили.