Фамилия Войнилова, скорее всего, ведет свое начало от названия деревни Войнилы, расположенной в Чаусском районе Могилевской области Белоруссии. Вполне вероятно, что основатель рода Войниловых был выходцем из этого населенного пункта. Согласно другой гипотезе, фамилия Войнилова образована от прозвища Войнил, которое этимологически связано со словацким vojin - «воин». В таком случае прозвище мог получить храбрый боец. Наконец, существует предположение, что прозвище Войнил восходит к старолитовскому глаголу vainoti, то есть «бранить». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище отражало особенности характера родоначальника: возможно, предок современного носителя фамилии был строгим человеком.