Фамилия Войнилоч — редкий пример фамилии, образованной не от славянского, а от тюркского или балтского корня, что делает её необычной для русского ономастикона. В основе лежит прозвище или имя Войнило, которое могло возникнуть от тюркского «война» (война, битва) или от литовского «vainyti» (ссориться, браниться). В любом случае, исходное слово связано с воинственным, неуживчивым или вспыльчивым характером человека. Суффикс -ило, распространённый в древнерусских и западнорусских прозвищах (ср. Дубило, Губило), указывает на деятеля: Войнило — «тот, кто воюет» или «склонный к ссорам».

Фамилия Войнилоч, скорее всего, белорусского или западнорусского происхождения. Окончание -ич (в данном случае -оч, как вариант -ич в диалектном произношении) — типичный патронимический суффикс, означающий «сын» или «потомок». То есть Войнилоч — «сын Войнилы». Такая модель фамилий (основа на -ило + -ич) характерна для земель Великого княжества Литовского, где смешивались славянские, балтские и тюркские элементы. В московских землях чаще встречались бы формы Войнилов или Войнилин.

Спорным моментом остаётся точное происхождение корня. Тюркская версия («война») кажется более правдоподобной для прозвища, даваемого воину или охраннику. Балтская версия («ссориться») тоже возможна, но она чаще давала бы прозвище не воину, а скандалисту. Учитывая, что в русских говорах слово «война» в значении «война» было общеупотребительным, а суффикс -ило — активным, именно тюркский след через посредничество тюрко-славянских контактов (например, с половцами или татарами) наиболее вероятен.

Встречается фамилия Войнилоч крайне редко, в основном среди белорусов и поляков (как Войнилло). В России она почти не фиксируется, что говорит о её узколокальном бытовании, возможно, на границе Беларуси и Литвы. Предки современного Войнилоча, вероятно, были крестьянами или мелкими служилыми людьми, получившими прозвище за воинственный нрав или службу в ополчении.