Фамилия Войниловы — одна из тех, где за привычным окончанием скрывается сразу несколько возможных историй происхождения. Самая конкретная версия отсылает к конкретной точке на карте: деревне Войнилы в Чаусском районе Могилёвской области Белоруссии. Если предок был выходцем оттуда, фамилия образовалась по типичной модели «название места + суффикс -ов»: Войнил → Войнилов, то есть буквально «сын человека из Войнил». Такие фамилии часто давали крестьянам, переселявшимся в другие земли, чтобы сохранить память о малой родине.

Однако есть и другие объяснения. Прозвище Войнил могло возникнуть и независимо от географии. В словацком языке слово vojin означает «воин» — в этом случае прозвище давали храброму, боевому человеку. Славянская основа «вой-» (от «воин», «война») вообще продуктивна для прозвищ, и фамилия Войнилов вписывается в этот ряд наравне с Войновыми, Войниковыми или Войницкими.

Третья версия выводит прозвище из старолитовского vainoti — «бранить». Тогда Войнилом могли прозвать строгого, ворчливого человека, любителя читать нотации. Эта гипотеза менее популярна, но лингвистически возможна, особенно если учесть, что ареал фамилии пересекается с зоной балто-славянских контактов.

Из трёх версий наиболее правдоподобной выглядит первая, топонимическая: она опирается на реально существующий населённый пункт и объясняет фамилию типичной для восточных славян моделью. Остальные гипотезы не отбрасываем — прозвища могли совпасть с названием деревни или дополнить его, но без документальных записей XVI–XVII веков утверждать что-то точное трудно. Процесс формирования фамилий длился не одно столетие, и окончательный ответ, из какого именно корня пошла фамилия конкретной ветви, остаётся за генеалогическим поиском по архивам.