Фамилия Войнилов происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Войнилов, скорее всего, ведет свое начало от названия деревни Войнилы, расположенной в Чаусском районе Могилевской области Белоруссии. Вполне вероятно, что основатель рода Войниловых был выходцем из этого населенного пункта. Согласно другой гипотезе, фамилия Войнилов образована от прозвища Войнил, которое этимологически связано со словацким vojin - «воин». В таком случае прозвище мог получить храбрый боец. Наконец, существует предположение, что прозвище Войнил восходит к старолитовскому глаголу vainoti, то есть «бранить». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище отражало особенности характера родоначальника: возможно, предок современного носителя фамилии был строгим человеком. О точном месте и времени возникновения фамилии Войнилов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Войнилов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.