Фамилия Войниловыч — редкий пример белорусской модели образования фамилий с суффиксом -ович, который в этом случае прирос к основе не на -о, а на -ы. Это сразу выдает восточнославянское, скорее всего, северо-западное происхождение: такие формы типичны для исторических земель Великого княжества Литовского, где белорусский язык долго был официальным, а фамилии на -ович/-евич носили не только шляхта, но и крестьяне (в отличие от Московской Руси, где этот суффикс долго оставался маркером знатности).

Основа фамилии — «Войнил» или «Войнила». Это производное от древнего славянского имени-прозвища Войнил, которое, в свою очередь, образовано от корня «вой-» (воин, война) с уменьшительным суффиксом -ил. В старых актах встречаются люди с таким именем: например, в Полоцкой земле XV века упоминается боярин Войнил. Таким образом, фамилия Войниловыч буквально означает «сын Войнила» — отчество, застывшее в родовом прозвище.

Версия о связи с польским словом wojna (война) или wojownik (воин) менее точна: суффикс -илович/-ылович в польской ономастике почти не встречается, а вот в белорусской — да. Если бы фамилия была польской, она скорее выглядела бы как Wojniłowicz, но с тем же смыслом.

Редкость фамилии объясняется тем, что основа Войнил не стала массовым именем (в отличие, скажем, от Ивана или Петра). Носители Войниловыч — это, скорее всего, потомки одного конкретного рода из небольшой местности, возможно, из-под Минска, Гродно или Витебска. В современных базах фамилия встречается единично, и это как раз тот случай, когда фамилия ценна не числом, а уникальностью словообразовательной модели.