Фамилия Войниковы, как и её мужская форма Войников, образована по стандартной для восточнославянских фамилий модели: к основе Войник- добавлялся патронимический суффикс -ов, буквально означавший «чей?» — то есть сын Войника. Сама основа Войник — это либо прозвище, либо неканоническое личное имя, напрямую связанное со словом «воин». В древнерусском языке «войник» значило то же, что и современный «воин» — человек, несущий военную службу.

Есть две версии происхождения. Первая, самая очевидная: прозвище Войник давали профессиональному военному — дружиннику, ратнику или служилому человеку. В эпоху, когда фамилии только начинали закрепляться (XV–XVII века), прозвище могло перейти в род как напоминание о роде занятий предка. Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая основания: Войник — это не прозвище, а личное имя. В дохристианской и раннехристианской традиции славяне нередко давали детям «охранительные» имена-пожелания: Воин, Войнал, Войник — то есть «пусть будет воином», «защитником». Иногда такие имена давали и священники, если не могли подобрать подходящее имя святого по святцам.

Какая из версий правдоподобнее? Обе рабочие, но первая — прозвищная — встречается чаще. Дело в том, что в русских писцовых книгах XVI–XVII веков прозвища, образованные от названий профессий и социальных ролей (стрелец, пушкарь, воин), фиксируются в большом количестве, а вот личное имя Войник — редкость. Словарь древнерусских личных имён Н. М. Тупикова упоминает единичные случаи, тогда как прозвище Войник встречается в деловой переписке и переписных книгах неоднократно.

Фамилия Войниковы — не единственная в этом гнезде. Однокоренные фамилии: Воинов, Воинков, Войнов, Войниковский. Разница в суффиксах указывает на разные регионы и способы оформления: -ов типичен для центральной России и Поволжья, -ский — для западнорусских земель и шляхетской традиции. Войниковы могли жить на территории современных Тверской, Ярославской или Костромской областей — именно там прозвищные фамилии на -ов распространены особенно плотно.

Говорить о точном месте и времени возникновения фамилии без глубоких генеалогических изысканий сложно: одна и та же фамилия могла появиться независимо в нескольких сёлах. Но общая картина ясна: предок Войниковых в XV–XVII веках получил прозвище или имя Войник, а его дети и внуки закрепили его как родовое имя.