Фамилия Войдюк имеет отчетливый украинский колорит, и её разумнее всего анализировать в контексте западноукраинских и белорусских ономастических моделей. В основе фамилии лежит суффикс -юк, который в украинской традиции выполняет ту же роль, что и русские -ов/-ев или -ин: он указывает на родство, чаще всего на сына или ученика человека, чьё имя или прозвище стало корнем. Таким образом, Войдюк — это «сын Войдя» или «потомок Войдя».

Корень Войд- может восходить к нескольким источникам, и самый вероятный из них — это каноническое имя Войд (Войда). В старину Войдой могли называть человека, который пришёл с войны или, наоборот, вернулся с военной службы, то есть «бывалый воин». В этом случае имя-прозвище Войда было широко распространено в южнорусских и украинских землях, а фамилия Войдюк — его уменьшительно-патронимическая форма. Менее вероятная, но возможная версия связывает корень с литовским или ятвяжским словом, означающим «вождь» или «предводитель», что объяснило бы географическую привязку фамилии к Гродненщине и Волыни — территориям, где исторически смешивались славянские и балтские племена.

География фамилии сегодня довольно красноречива: наибольшая концентрация носителей Войдюк фиксируется на западе Украины (Волынская, Ровенская области) и в юго-западной Беларуси (Брестская область). Это подтверждает догадку о том, что фамилия сформировалась на стыке украинского и белорусского языковых ареалов, где суффикс -юк особенно активен. В России фамилия встречается редко и обычно принадлежит потомкам переселенцев из этих регионов в XX веке.

Сословная принадлежность предков Войдюков, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Украинские фамилии на -юк редко встречались у шляхты, которая предпочитала модели на -ский/-цкий. Значит, носитель фамилии Войдюк мог быть сыном казака или крестьянина, которого в документах записали по отцу — Войде. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только усиливает её типичный народный характер: она не была придумана чиновником, а родилась в живой речи.