Фамилия Войтеновский — это «географическая» фамилия, образованная по модели, очень характерной для польской и западнорусской шляхты. Её основа — название населённого пункта, скорее всего, Войтеново или Войтеновка, а суффикс -ский указывал на принадлежность к этому месту или происхождение оттуда. Владелец такой фамилии в XVI–XVII веках, вероятно, был либо мелким землевладельцем (шляхтичем), либо крестьянином, которого записали по месту жительства.

Корень «Войтен-» восходит к слову «войт» — это не воин, а должностное лицо. Войтом в городах с магдебургским правом называли выборного главу городского самоуправления, а в сёлах — старосту, назначаемого помещиком или королём. Таким образом, первичным прозвищем могло быть «Войтеня» или «Войтенок» — сын войта. От этого прозвища сначала возникла фамилия Войтенов, а уже от названия деревни Войтеново (где жили потомки этого человека) — Войтеновский.

Фамилия встречается на территориях, которые входили в Речь Посполитую: современная Беларусь, Украина, восточная Польша. В России она редкая, часто с ударением на второй слог (Войте́новский), что тоже выдает её польско-литовское происхождение. Интересная деталь: в польском языке существовала фамилия Wojtanowski (Войтановский) — с другим суффиксом, но тем же корнем. Войтеновский — это её восточнославянский вариант, где «а» перешло в «е» под влиянием акающего произношения или местных говоров.