Фамилия Войтишкина — женская форма, образованная от мужской Войтишкин. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Войтишка. Чтобы понять его происхождение, нужно разобрать корень и суффиксы.

Корень «Войт-» восходит к западнославянскому или литовскому слову «войт» (voit, vaitas) — сельский староста, выборный глава общины, иногда судья. В Великом княжестве Литовском и Речи Посполитой войты управляли деревнями и местечками. Таким образом, Войтишка — это уменьшительно-пренебрежительная форма от «войт»: «маленький войт», «сын войта» или «тот, кто работает при войте». Суффикс «-ишк-» характерен для западнорусских (белорусских, польских, литовских) говоров, где он передаёт уменьшительность или принадлежность. В русском языке этот суффикс реже встречается, что указывает на западное происхождение фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с глаголом «войти» (входить). Тогда Войтишка могло быть прозвищем пришлого человека, «вошедшего» в общину со стороны. Но такое толкование менее убедительно: глагол «войти» в прозвищах почти не встречается, а связь с должностью войта подтверждена множеством однокоренных фамилий — Войтов, Войтехов, Войтиков.

Фамилия Войтишкина редкая, её география тяготеет к западным областям России, граничащим с Беларусью и Литвой (Псковская, Смоленская, Брянская области). В метрических книгах XIX века носители фамилии могли записываться как крестьяне или мещане, чьи предки действительно занимали должность войта или жили в местности, где эта должность была распространена. Суффикс «-ин» в окончании указывает на принадлежность: Войтишкин — «чей?» — сын Войтишки. В женской форме фамилия склоняется по общим правилам: Войтишкиной, Войтишкину.

Таким образом, фамилия Войтишкина — это осколок западнорусской административной системы, застывший в прозвище. Предки носительницы, скорее всего, были связаны с сельским самоуправлением на землях бывшего Великого княжества Литовского.