Фамилия Войтишена — редкий случай, где географическое происхождение просматривается почти сразу, а вот с корнем и значением всё сложнее. Судя по окончанию -ена, это не типичная русская модель на -ов/-ин. Такая форма характерна для фамилий, образованных от личных имён с помощью суффикса -еня (уменьшительно-ласкательная форма) в западнорусских землях, особенно на территории современной Беларуси и в приграничных районах Польши и Литвы. Поэтому первая и самая вероятная версия: основа Войт- или Войтиш- восходит к имени или прозвищу Войт (от польского wójt, немецкого Vogt — деревенский староста, судья, управляющий). В старину «войтом» называли выборного главу общины, а в городах на магдебургском праве — наследственного чиновника. Соответственно, Войтишена — это «сын Войтиша» или «родом от Войтиша», где Войтиш — вариант того же имени с суффиксом -иш, передающим принадлежность.

Вторая, менее распространённая гипотеза, связывает фамилию с литовским корнем vait- (вайт-), который в балтийских языках мог означать «белый» или «светлый». В таком случае Войтишена могла бы быть ополяченной или славянизированной формой литовской фамилии. Но эта версия слабее: фамилий с корнем Войт- в славянской ономастике гораздо больше, и они хорошо задокументированы в исторических актах Речи Посполитой.

Географически фамилия Войтишена тяготеет к западной части бывшего Великого княжества Литовского — современные Гродненская, Брестская области, а также восток Польши (Подляшье). Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род, закрепившийся в конкретной деревне или местечке. Сословная принадлежность предков могла быть разной — от крестьян-однодворцев до мелкой шляхты, поскольку фамилии на -ена нередко встречались среди обедневших дворян, которые сохраняли память о родовом прозвище.

Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие аналоги — Войт, Войтик, Войтенко, Войтишко. Войтишена выделяется именно окончанием, которое указывает на польско-белорусскую модель образования фамилии по отцу или месту. Для современного носителя фамилия звучит как архаичная, но в ней чётко слышна связь с должностью или прозвищем предка, который был не просто крестьянином, а человеком с властью или общественным весом.