Фамилия Войтишенюк — редкий случай, когда географию происхождения можно определить почти сразу, даже не заглядывая в переписи. Суффикс -юк устойчиво указывает на западный ареал: украинское Правобережье, Волынь, Полесье, юго-восток современной Польши. В этой модели -юк — уменьшительный или патронимический суффикс, который в XVI–XVII веках заменял более привычный для восточных земель -енко. Войтишенюк буквально значит «маленький Войтишен» или «потомок Войтишена».

Основа фамилии — Войтишен — сама по себе вторична. Она образована от личного имени Войтиша, которое является народной формой крестильного имени Войтех (через польское Wojciech). В православной и католической традиции Войтех — это святой Адальберт Пражский, имя которого в просторечии переделали в Войцех, Войтиша, Войтко. Цепочка выглядит так: Войтех → Войтиша (уменьшительное) → Войтишен (чей-то сын или человек, принадлежащий Войтише) → Войтишенюк (внук или ещё более мелкий потомок).

Словообразовательная модель здесь тройная, что для славянских фамилий редкость. Сначала основа на -ша, потом патроним на -ен, затем ещё один патроним на -юк. Такие «длинные» фамилии часто возникали в условиях, когда нужно было различать множество однофамильцев в одной деревне — например, когда у нескольких Войтишенов были свои дети, и их называли по деду.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был крестьянином или мещанином. Дворянские роды с таким окончанием на украинских землях встречаются, но редко, и обычно они фиксировались в более коротких формах — Войтишенский или Войцеховский. Простая фамилия на -юк выдаёт непривилегированное сословие: казаков, свободных хлебопашцев или ремесленников.

Написание фамилии устойчиво: через «и» в корне (Войти-), а не через «е» (Войтешенюк), что подтверждает белорусское или североукраинское влияние, где «о» перед «й» переходит в «і» (и). Встречаются варианты Войтишенюк и Войтишенюк, но ударение, судя по аналогичным фамилиям (Бондарюк, Ковалюк), падает на последний слог.